La microbiota intestinal es el conjunto de bacterias, parásitos y hongos no patógenos presentes en nuestro tubo digestivo. Es la microbiota más grande de nuestro organismo, ya que representa alrededor de 2 kilos de microorganismos.
Estos últimos son particularmente abundantes en el colon. La microbiota humana está compuesta por más de 1000 especies bacterianas. Cada uno de nosotros alberga alrededor de 200.

Cada individuo tiene una microbiota propia y única, en materia de combinación de especies, que se forma en el momento del nacimiento. Si bien cada uno tiene su propia microbiota, globalmente cumplen las mismas funciones. Roles en el metabolismo y la digestión:

Permite el proceso de fermentación de ciertos residuos alimenticios no digeridos, a la salida del intestino delgado.

Facilita la asimilación de nutrientes.

Regula el almacenamiento de las grasas, ya que interviene en las vías metabólicas de diversos órganos (hígado, tejido adiposo…).
Participa en la síntesis de ciertas vitaminas, como las vitaminas K, B8 y B12.

Rol inmunitario:
Participa en la maduración inmunitaria y, por ende, en la prevención de las alergias.

Forma una barrera protectora en la pared intestinal para evitar la colonización del tubo digestivo por especies patógenas.
Si bien la microbiota se mantiene relativamente estable en el tiempo, su composición a lo largo de la vida puede variar transitoriamente, en función de las condiciones externas: dieta, infecciones virales o bacterianas, uso de determinados fármacos (especialmente antibióticos), actividad física, estilo de vida (tabaquismo, estrés…).

Cuando la microbiota intestinal sufre un desequilibrio, tiende a recuperar su estado inicial en uno o dos meses. Sin embargo, una sucesión de desequilibrios puede tener, a largo plazo, consecuencias nocivas para la salud.